以环境微生物为研究对象，以微生物资源收集、评价与利用，微生物生态学为主要研究任务，开展环境因子-微生物生态互作、微生物-微生物生态互作机制研究；建立根际有益微生物资源库，研发植物微生态制剂及精准应用方案，构建非健康土壤微生态修复技术；研发特殊生境植被修复与土壤的固碳增汇技术，实现退化土壤的微生物-植物联合修复。为山东省土壤微生态环境修复、特定生态系统修复、植物健康、农产品食品安全、土壤碳汇提供技术支持。
团队现有科研人员16人，其中国家重点研发计划首席专家1人，山东省有突出贡献中青年专家2人，济南市专业技术拔尖人才2人，黄河三角洲学者1人，潍坊市鸢都产业领军人才1人，正高级职称6人，副高职称7人，高端外国专家2人，“智惠山东”外国专家1人；博士生导师6人，硕士生导师11人。
人员：
首席专家：王琦教授、杨合同研究员
团队负责人：李纪顺应用研究员、教授
团队专职负责人：魏艳丽研究员、扈进冬高级工程师
学术骨干：周意副教授、赵忠娟副研究员、吴远征副研究员、杨凯助理研究员、李玲助理研究员、王贻莲副研究员、李红梅高级工程师、陈凯高级工程师、张继泉工程师
